Durante il pontificato di Nicolò III Orsini (1272-1280), forse per contrastare la casata avversa, la famiglia colonnese promosse una politica espansionistica e di riorganizzazione feudale, che raggiungerà più tardi l'apoteosi sotto il papato di Martino V Colonna, procurando inoltre alte cariche ai suoi.
Infatti nel 1277 Pietro e Stefano Colonna, figli di Pietro, stipularono cum viribus nobilibus del Castello di Genazzano, feudo più importante da loro posseduto, alcune conventiones per sanzionare servizi, concessioni, corrispettivi indispensabili a garantire rapporti di reciproco vantaggio e difesa.
Il loro fratello Egidio Romano Colonna, erudito filosofo Eremitano, fu generale dell'Ordine, maestro all'Università di Parigi, e per nomina di papa Bonifacio VIII, arcivescovo di Bourgés.
Nel l278 Jacopo Colonna fu eletto cardinale e suo fratello Giovanni, senatore di Roma qualche anno dopo.
Nell'ultimo decennio del secolo XIII, la Rocca di Castelnuovo era posseduta da Giacomo Colonna detto Sciarra, il quale vi fece eseguire opere fortificatorie.
Il 13 dicembre 1294 Celestino V depose le insegue pontificali
rinunziando al Sacro Ministero, ed il 24 dello stesso mese,
appoggiato dai Colonna, veniva eletto papa, con il nome di
Bonifacio VIII, il cardinale Gaetani.
Agli inizi del suo pontificato ebbe ottime relazioni con i
Colonna, i quali lo ospitarono nel loro castello di Zagarolo, e
in special modo con il ramo genazzanese da cui proveniva frate
Egidio suo teorico.
Ma a seguito di una serie di eventi, quali l'aiuto dato da
Pietro Colonna agli angiomi ed a Federico II di Sicilia, suoi
nemici, il sostegno di alcuni colonnesi alla setta eretica dei
Fraticelli dell'Opinione, ascetica confraternita autonoma in
opposizione al papato, il furto del tesoro papale durante il
trasporto da Anagni a Roma, perpetrato dal palestrinese Stefano
Colonna nel 1297, divenne nemico acerrimo di questa famiglia.
Distrusse varie loro fortezze, rase al suolo il feudo di
Palestrina facendovi spargere sale sulle rovine che, arate,
vennero completamente seppellite con l'intento simbolico di non
farvi più germogliare neanche filamenti di erba e nel 1298
occupò le terre di Castelnuovo.
Per l'attentato al papa e quindi l'affronto alla Chiesa nel 1303
all'interno della Cattedrale di Anagni, Benedetto XI succeduto
Bonifacio, non prosciolse Sciarra Colonna dalla scomunica
inflittagli, e solo nel 1306 sotto Clemente V i Colonna poterono
riottenere il feudo di Casteinuovo.
Stefano Colonna, riammesso nel feudo, occupo con la forza le
vicine terre di Riano e nel 1321 il Monastero di S. Paolo ne
chiese la restituzione con ricorso inoltrato a Roberto re di
Napoli.
Il 3 settembre 1333 gli Orsini s'impossessarono di Ponte Molle tenuto dai colonnesi di Castelnuovo, insieme ai ponti Salario e Nomentano in Roma, ma sei giorni dopo Stefano Colonna lo rioccupo appropriandosi anche di un barcone proveniente da Napoli carico di materiale bellico occorrente agli Orsini per abbattere Castelnuovo portuense.
A Stefano, successero in quota indivisa i figli Giovanni e
Nicolò. Quest'ultimo con istrumento del 27 gennaio 1387 istituì
un'ipoteca gravante per la quota di appartenenza sui castelli di
Castelnuovo, Palestrina, Castel S. Pietro, e Colonna (forse
questo posseduto per 1/3 anche dall'altro fratello Pietro), a
favore e per dote della sua prima moglie Giacoma Conti di Poli.
In questo periodo a Castrum Novum dovevano risiedere circa
1260 persone calcolate dal consumo di sale pari a 15 rubbie
semestrali, mentre, sempre nella provincia Collinee, erano
tassati per 10 rubbie ciascuno, i vicini Scrofano, Formello,
Ponzano, Torrita, per 8 Riano, per 6 Leprignano, per 5 Mazzano.
Bonifacio IX Tomacelli, eletto papa nel 1389, stipulato un
trattato con la Repubblica Romana, si schierò contro i
colonnesi.
Il 5 gennaio 1400 Nicolò e Giovanni Colonna signori di
Castelnuovo, entrati forzosamente da Porta del Popolo, occupato
il Campidoglio, costrinsero il papa a riparare in Castel S.
Angelo, ma, ricacciati e costretti a rifugiarsi in Palestrina,
furono scomunicati e, con bolla del 24 maggio dello stresso anno,
vennero loro interdetti Castelnuovo, Palestrina e tutti i feudi
posseduti.
Soltanto dopo un atto di sottomissione al papa, nel gennaio 1401,
i Colonna furono reintegrati dei loro possedimenti.
Una controversia nata nel secolo XVII fra i Colonna e la Camera Apostolica sul possesso di Castelnuovo "Portuen Castri novi, III.mi DD. de Columna de Preneste, contro Rev. Comeram Ap.licam" promuove un'indagine conoscitiva sulla appartenenza del Castello alla Casa Colonna fin dal 1326 e per ben 255 anni (ACoI., misc., II, A, 1, f. 61, 394).
Tra le molteplici copie di istrumenti riportati, di notevole importanza è l'analisi di uno schema genealogico che ci permette di conoscere perfettamente tre generazioni di colonnesi, individuandone il rispettivo avvicendarsi nel possesso del feudo di Castelnuovo, e rettificare le genealogie riportate la Prospero Colonna nel volume "I Colonna dalle origini all'inizio del secolo XIX" edito a Roma nel 1927, e in quello "Memorie colonnesi" di Antonio Coppi pubblicato in Roma nel 1855.

Inasprimento delle contese fra Giovanni e Nicolò Colonna ed il papato
Alle soglie del quattrocento una serie di avvenimenti
rafforzò il già potente feudo di Giovanni e Nicolò Colonna
signori di Castelnuovo.
Il matrimonio di Nicolò con Giovanna Conti e la tregua stipulata
nel 1391 su alcune controversie che i due colonnesi avevano con
Adinolfo ed Aldobrandino Conti, li pose al riparo
dall'aggressione di questa famiglia che controllava il sud-est
del Patrimonio di Campagna.
L'usurpazione di Genzano all'Abazia di S. Anastasio fatta nel
1393 da Nicolò e la cessione poi a Buccio dei Savelli gli valse
l'appoggio di un'altra potente famiglia.
La cessione in favore di Giovanni e Nicolò dei diritti sul
castello di Penne, sul Patrimonio di S. Pietro in Etruria e su
alcuni immobili in Roma, fatta il 20 gennaio 1395 da Caterina
figlia di Fuccio Bortolomeo Colonna signore di Gallicano e vedova
di Giacomo Colonna detto Giugurta, aumentò le loro
disponibilità finanziarie.
L'impegno assunto nello stesso anno con la Repubblica Fiorentina
di affiancarla con 200 lance dietro compenso di 300 fiorini d'oro
mensili e la protezione sui loro feudi, li tutelò enormemente.
Nel 1404 durante il tumulto scoppiato in Roma dopo la morte di Bonifacio IX, Nicolò rioccupò il Campidoglio sconfiggendo gli Orsini guidati da Francesco, che ripararono nel loro palazzo di Monte Giordano, ed ancora insieme con Giovanni attaccò la fortezza di Molara degli Annibaldi.
Innocenzo VII, eletto al soglio pontificio, per accattivarsi i
favori delle influenti famiglie romane in lotta tra loro, nominò
12 cardinali tra cui Oddone Colonna, Giordano Orsini, Pietro
Stefaneschi Annibaldi.
Le contese non furono sedate comunque e sempre Nicolò e Giovanni
assaltarono sfavorevolmente il Ponte Molle, difeso dagli Orsini,
che dopo una transazione il papa ordinò fosse demolito.
Nell'agosto 1405 Giovanni Colonna, dopo aver costretto Innocenzo
VII a fuggire in Viterbo, insediatosi in Vaticano, si nominò
antipapa con il nome di Giovanni XXIII, ma soltanto venti giorni
dopo ai Prati di Nerone fu sconfitto da Paolo Orsini, al comando
delle truppe pontificie.
Il 18 giugno 1406 Innocenzo VII citò Giovanni e Nicolò a comparire in concistoro per dichiararli scismatici, scomunicati, infami, sacrileghi, spergiuri e ricaduti cospiratori e rei di lesa maestà, ma questi il 17 giugno, alla testa delle truppe napoletane di re Ladislao, che ne aveva affiancato ogni loro disputa, invasero Roma.
Il papa Gregorio XII, riparato in Castel S. Angelo, chiese
aiuto a Paolo Orsini il quale, catturati i due Colonnesi, estorse
loro cospicui danari ed il castello di Gallese.
Accorse in loro aiuto il re Ladislao di Napoli con dodicimila
cavalieri accampati a S. Paolo fuori le mura di Roma e,
conquistata la città, nel 1408 ricompensò Nicolò e Giovanni
dando loro il Feudo di Marino.
Al patrimonio colonnese costituito, unitamente a Castelnuovo, da. Zagarolo, Penne, Pazzaglia, S. Gregorio, Gallicano, Palestrina, Gallese, con cessione papale del 1410 si unirono Frascati, Civita Lavinia, Genzano. Sotto Alessandro V Filargis, nominato a sostituzione di Benedetto XIII e sotto Giovanni XXIII Cossa, dopo la morte di Nicolò e Giovanni, gli alterchi continuarono con Jacopo e Ludovico rispettivamente figli dei defunti colonnesi.
L'11 novembre 1417 nel concilio di Costanza fu eletto pontefice con il nome di Martino V, Oddone Colonna, nato nel 1368 a Genazzano da Agapito di Pietro Colonna e Caterina Conti.
Messo fine allo scisma che aveva lacerato la Chiesa, Martino
V, tornato a Roma il 28 settembre 1420, iniziò la non facile
impresa di ristrutturazione della città che era divenuta, come
scrive Ludovico Pastor, nella "Storia dei Papi dalla fine
del medioevo", "una ruina e presentava una vista
oltremodo triste: da qualunque parte di volgesse lo sguardo,
apparivano ruderi, decadenza e povertà. La guerra, la fame e le
malattie avevano decimato e ridotto alla estrema miseria gli
abitanti. Dei ladroni compivano giorno e notte il loro mestiere
nelle luride strade dominate dalle alte torri delle famiglie
nobili e ingombre di mecerie. La città, in cui abitavano questi
poveri, era un grande campo di ruine, nel quale s'annidavano le
miserabili dimore. Ovunque vedevansi mucchi di rovine coperte di
alta erba e di folti cespugli; nelle parti più basse della
città s'erano formate delle paludi, donde sprigionavansi
velenosi miasmi pestilenziali".
Ancora Ferdinand Gregorovius nella "Storia di Roma nel
medioevo", la paragonava ad un "labirinto di
vicoletti sporchi irti di torri in cui una popolazione miserabile
infingarda trascorreva le sue giornate senza gioia
Fin dai primi anni del suo pontificato, quando ancora si
trovava a Firenze, nominò una commissione per soprintendere ai
restauri delle chiese di Roma, ripristinò poi l'opificio dei "magistri
viarum" per la manutenzione delle strade.
Ristrutturò completamente il palazzo di famiglia presso SS.
Apostoli in Roma e edificò il palazzetto rinascimentale nel
castello di Genazzano, luogo ameno nella Campagna Romana, che
eleggerà sua residenza estiva.
Alleanze strategiche, acquisti di terre e castelli per i
congiunti, non escluse le occupazioni forzose, rafforzarono la
potenza temporale di Martino V, aumentando sensibilmente il
patrimonio di Casa Colonna costituendo una signoria che si
estendeva dal Regno di Napoli, al Ducato di Spoleto, alle Contee
negli Abruzzi.
La promessa papale d'incoronazione della regina Giovanna,
succeduta a Ladislao, fruttò ai fratelli del papa, il ducato
d'Amalfi e Venosa e il principato di Salerno per Giordano, la
contea abruzzese d'Alba a Lorenzo.
Di ambedue i colonnesi, miseramente deceduti nel 1423, il primo di peste, l'altro bruciato dentro una sua torre, divennero eredi Antonio, Prospero e Odoardo, figli di Lorenzo Colonna e Sveva Gaetani, ai quali andarono i numerosi feudi ulteriormente accresciuti da Martino V con i molteplici atti d'acquisto rogati dal notaio Vendettini. Nel 1425, per garantire la sicurezza di Castelnuovo, circondato dai feudi orsiniani, con il pretesto di reprimere il fenomeno di abigeato frequente in zona, le truppe papaline, guidate da Pandolfo Malatesta, occuparono Morlupo, Leprignano, Fiano, Civitella S. Paolo, come ricorda l'Infessura "...e stetteci lo campo a Montelopo de molti di, et poi l'habbe lo papa con tutte l'altre terre et poi che l'habbe, fece spianare Montelopo nel detto anno perché rubbava et fece questo papa Martino per dare essemplo a tutte le altre terre".
Il 2 giugno 1426 i tre nipoti del papa acquistarono Morlupo e Fiano.
Il 12 febbraio 1427 Antonio Colonna, anche a nome dei suoi due fratelli, acquistò parzialmente da Alessandro de' Tedallini per 200 fiorini, la mola di Morlupo e il castello di Monte la Guardia.
Castrum Novum, che per gli anni 1416-1418 pagava le tasse del sale e focatico a Francesco Orsini, insieme a molti altri feudi Colonnesi, da Martino V ne fu esentato, ma il 13 marzo 1432 il successore Eugenio IV ritassò per il salis et focatici Castelnuovo, a favore del la Camera Apostolica, a partire dal giorno della morte del suo predecessore, tassa parzialmente condonata dallo stesso papa l'11 agosto 1433.
Il 20 febbraio 1431 colpito da apoplessia moriva in Roma
Martino V.
Suo successore e nemico di casata fu Eugenio IV Condulmero, il
quale sostenuto dagli Orsini pretendeva dai colonnesi la
restituzione di molti loro castelli e la consegna dei tesori
accumulati dal predecessore.
L'uccisione di Stephanus Traditus
Dopo che il capitano di ventura Nicolò della Stella detto Fortebraccio, già al soldo della chiesa, fu reclutato da Filippo duca di Milano col compito d'impadronirsi di Roma, i colonnesi li diedero ampio appoggio. Nel 1433, distrutto Monte della Guardia vicino Morlupo, inseguito dalle truppe di Micheletto, Ranuccio e Menicuccio dell'Aquila, Fortebraccio si rifugiò nel castello di Castelnuovo allora tenuto insieme a quello di Palestrina da Stefano Colonna di Nicolò. Il Platina sembra far intendere che quest'ultimo fosse sempre in disaccordo con i propri familiari e questa sua alterigia era affatto sopportata da Antonio Colonna di Genazzano, principe di Salerno, nipote di Martino V
Eugenio IV, sempre alla ricerca dei tesori papali, nominato
Stefano generale della Chiesa, gli diede l'ordine di arrestare il
genazzanese Oddone Poccio de' Varris, tesoriere del
precedente pontefice colonnese.
Fatto prigioniero il de' Varris, fu torturato e
saccheggiata la sua casa, ma il papa, irritato dall'atto troppo
spregiudicato, minacciò Stefano il quale si alleò con i Colonna
di Genazzano, nipoti di Martino V, e, alla testa di un esercito,
occupò porta Appia in Roma.
Un dì funesto fu il sabato del 17 aprile 1433, giorno in cui
Stefano, portatosi a Genazzano, venne assalito e trucidato dal
nipote Salvatore Colonna comproprietario di Palestrina, figlio di
suo fratello Jacopo e da un tal Mataleno figlio del pittore
Vergurio.
I presunti colpevoli dell'efferato delitto furono a loro volta
fatti a pezzi dai palestrinesi. (Inf Diar. int. R.I.S. 3 part. 2
pp. 1123, 1124).
Una relazione del 1433 di Giudoccio da Gionta alla Signoria di Siena riporta: "...pare anchora che el prencipe abbia fatto amazare ms. Stefano Colonna a Ghinazano".
In un'altra nota di Bartolomeo di Tomasso da Agazaia datata 21 aprile viene riportato: "E achaduto che andando sabato passato Stefano Colonna et il nipote a (Genazzano) al prencipe, chi dice per certe questioni avevo Stefano coli nipoti et chi dice per intendorsi col prencipe per questa mossa di Nicholo (Fortebraccio) mo qual si sia stato la cagione dellandata del detto Stefano è stato morto nela camera del prencipe da famigli del prencipe, et anco si dice vi sodoperò il nipote".
Scosso dai crudeli fatti di sangue, la madre Clarina, e la moglie Sveva Orsini, incinta del nascituro Stephonus posthumus il 30 aprile insieme con Lorenzo Colonna, fratello di Salvatore, chiesero al papa di mettere fine alle funeste ostilità
Eugenio IV il 14 maggio si impegnò a perdonare tutti i
delitti commessi dai defunti Stefano e Salvatore, a condizione
che gli eredi gli restituissero il fortino organizzato nel
mausoleo dei Plauzi di Ponte Lucano a Tivoli, ed entro il 20
dello stesso mese scacciassero da Castelnuovo le milizie di Nicolai
de forte brachio.
Il 16 maggio 1433, i colonnesi, accettate le condizioni,
furono assolti e messi sotto la protezione papale.
Nell'inventario dei beni, fatto il 14 giugno 1433 da Sveva Orsini, l'eredità di Stefano in comproprietà per un mezzo con Giovanni, Lorenzo, Giordano, Nicolò, tutti figli di Jacopo Colonna e Orsina Orsini, oltre che del feudo di Castelnuovo era costituita anche da quello di Palestrina e Rocca del Monte (Castel S. Pietro), dalla rocca, castello e territorio di Zagarolo, dai castelli di Callicano, Colonna e Civita Lavinia, dalla tenuta di Lagliano, dalla fortezza di Passerano.
La concordia fra i colonnesi e Eugenio IV durò poco più di
tre mesi.
Il 25 agosto infatti i fratelli Antonio e Odoardo Colonna unitisi
a Fortebraccio invasero Roma.
Lorenzo Colonna, occupato Monte Molle entrò in Roma da Porta del
Popolo, ma costretto alla resa, perse molti dei suoi vassalli di
Castelnuovo rimasti prigionieri.
Dopo varie lotte il papa, rifugiatosi presso la chiesa dei SS. Apostoli in Roma, il 14 giugno 1434, travestito da monaco casinense, fu costretto a riparare in Toscana, ma ristabilito il Governo pontificio, Giovanni Vitelleschi, vescovo di Recanati, alla testa di 1750 soldati di Borgo, occupò Castelnuovo, invase ancora i castelli di Civita Lavinia, Gallicano, Passerano, San Gregorio, Zagarolo, distrusse il castello di Lariano e Palestrina fino alle fondamenta non esclusa la cattedrale, facendo trasportare a Corneto interessanti frammenti architettonici che vennero usati per nuove costruzioni. Ludovico Colonna, figlio di Giovanni e Ayca Bochiano, fu sorpreso e scannato nel suo castello di Ardea da un sicario degli Orsini il 12 ottobre 1436.
Castelnuovo insieme a Corneto, Soriano, Civitavecchia e Ostia divenne accampamento per il notevole contingente di milizie del Vitelleschi.
Gli abitanti di Castelnuovo, sottomessi all'obbedienza dello
Stato Pontificio, furono assolti dal papa e il 31 maggio 1437
stipularono patti con il cardinale pontificio, patriarca di
Aquileia e cardinale di S. Lorenzo in Damaso, Ludovico Scarampo
Mediarota, scelto dal papa per sostituire il Vitelleschi divenuto
pericoloso anche per la chiesa.
I patti vennero ancora approvati da Eugenio IV il 9 giugno 1441.
Nonostante i vari passaggi di proprietà, al Monastero di S.
Paolo doveva spettare ancora qualche diritto su Castelnuovo
giacché nel 1441 l'abate ne fà concessione vitalizia a Peleo di
Gallese.
Quattro anni dopo il papa intima ai castelnovesi di nulla più
pretendere dai feudi di S. Paolo.
Il 16 dicembre 1444 fu nominato castellano della rocca di
Castelnuovo Celanus de Interamne (ASR, Commissariati delle
soldatesce e galere, b. 1, voi. 1, fasc. 2, L 65).
Il ristabilimento del governo colonnese
Salito al soglio pontificio Nicolò V Parentucelli, già
vescovo di Palestrina ed amico dei colonnesi, ammise nelle sue
grazie Lorenzo Colonna restituendogli con bolla del 24 aprile
1447 le terre di Castelnuovo.
Con successiva bolla del 31 maggio, riconobbe anche i diritti che
Stefanello Colonna figlio del fu Stefano, aveva sulle stesse
terre.
Ai due colonnesi fu permesso inoltre di riedificare Palestrina a
condizione però che non fosse rifortificata, data la sua
importanza strategica, e il 13 maggio 1452 questa limitazione fu
obbligata soltanto per Castel S. Pietro.
Nel 1448 la popolazione di Castelnuovo rivendicò l'uso civico del legnatico e pascipascolo sulle terre di Liprignani, Castilionis, Vaccaricae et Viani et tenimenta Scurani, appartenenti al Monastero di S. Paolo, ma una sentenza dell'Uditore di Rota Guglielmo Fondera ne escluse ogni diritto. Nello stesso anno avvenne la divisione dei feudi fra Stefanello e Lorenzo e con bolla dell'11 giugno, Nicolò V confermò i confini convenuti.
Nicolò V nel 1453 promosse lavori di restauro delle muraglie
nella Rocca di Castelnuovo e due anni dopo Stefanello, durante il
conclave per la morte dello stesso papa, s'impadronì del
castello e delle terre dipendenti.
Scomunicato con tutta la sua famiglia dal nuovo pontefice
Callisto III, con bolla del 13 febbraio 1460 fu assolto dal papa
Pio II Piccolomini.
Cinquanta anni dopo la morte di Nicolò Colonna, la sua seconda moglie Chiarina Conti l'1 agosto 1460 fece testamento, lasciando i diritti sul feudo di Castelnuovo al nipote Stefanello Colonna, una dote di 100 fiorini a Imperiale, che diverrà terza moglie di Antonio Colonna di Genazzano, ed ancora beni ai propri figli Benedetto, Sciarra e Maria, eleggendo inoltre suo luogo di sepoltura una cappella da dedicare a Maria della Neve, da costruirsi a cura di Stefanello nella Chiesa di S. Maria in Castelnuovo.
Il 22 marzo 1465 moriva in Roma il cardinale e condottiero Ludovico Scarampo Mediarota destinando in eredità ai suoi nipoti un enorme patrimonio stimato in 200.000 fiorini d'oro.
Il papa Paolo II, annullato il testamento, persegui gli eredi che catturò con i tesori in Castelnuovo. Il Gregorovius narra: "Carri e carri di monete d'oro e di oggetti preziosi di ogni sorta, che lo Scarampo aveva fatto spedire a Firenze, furono scaricati in Vaticano senza che un solo romano trovasse motivo di disapprovazione poiché i tesori del cardinale erano stati accumulati a prezzo di ogni sorta di latrocinii".
Una controversia tra Stefanello ed il cugino Nicolò Colonna, sui feudi di Castelnuovo, Colonna, S. Cesareo, Gallicano, venne sedata dal papa Sisto IV (1471-1484).
Nel 1468 Castelnuovo entrò in contesa con il Monastero di S. Paolo circa la divisione del territorio di Leprignano.
Nel 1490 i castelnovesi, nella località "Li Campanili" in Riano, occuparono le proprietà del Monastero e il 19 marzo 1491 Pietro, figlio di Stefanello Colonna, e l'abate di S. Paolo ne concordarono la rettifica di confini.
Nel 1484 numerosi edifici civili e religiosi, non esclusa la Rocca, furono lesionati da un forte terremoto.
Nel 1492 fu eletto pontefice Alessandro VI Borgia ed i
Colonnesi, per l'appoggio prestatogli, ricevettero la commenda
dell'abbazia di Subiaco.
Ma perseguendo mire espansionistiche, il papa, dopo aver usurpato
il castello di Sermonata ai Caetani, confiscò tutte le terre
colonnesi, e non soltanto.
Il 17 settembre 1501 assegnò Castelnuovo a suo figlio infante
Giovanni ed, a maggiore difesa del luogo, guarnì di artiglierie
le strutture castellane.
Nel 1503, dopo la morte di Alessandro VI, Castelnuovo fu ripreso da Stefano Colonna nipote di Stefanello e figlio di Francesco e Orsina Orsini; "...Stephanus de Columno recuperavit poss. ne Castri novi... ab anno 1503)" (ACol., misc. II, A, 1, p. 396).

Nel 1504 Giovanni Colonna di Odoardo si prodigò affinché cessassero le ostilità con la vicina Civitella San Paolo.
Artemisia Colonna figlia di Pierfrancesco di Zagarolo, agli inizi del secolo XVI, doveva avere qualche titolo su Castelnuovo se nel 1530 papa Clemente VII ne ratificò una cessione di diritti fatta dalla stessa Artemisia.
I fratelli Stefano e Alessandro Colonna signori di Castelnuovo, nel 1518 ebbero un'altra contestazione con il Monastero di San Paolo riguardo il fondo di Casanovula ed ancora una contesa con Vittoria e Laura di Somma, rispettivamente figlia e moglie di Pierfrancesco Colonna di Zagarolo, circa i diritti sui vari castelli. Per sedare tale controversia colonnese sulla possessione anche di Costrum novum Portuensis, occorse l'intervento del papa Paolo III con bolla dell'11 gennaio 1539 e di Rainaldo Petruccio d.i Palatij Uditore di Rota, "...cuius tempore cum nata esset lis et discordia inter Petru'fan.us Columna, et successive D. Victoria Columna eius filia uxore bo. me. D. Camilli Columna, et DD. Alexandris et Stephanum del Columna super divisione totius status, et in specie Castrinovi..." (ACol., misc. II, A, I, p. 404).
Sciarra Colonna, figlio di Alessandro, munifico verso Castelnuovo, emanò gli Statuti per regolamentare tra l'altro il mercato, i tribunali, la giustizia. Una copia datata 10 dicembre 1548 racchiude anche un decreto di Alessandro Colonna ed un'altra del 1564 contiene aggiunte posteriori fino al 1651.
Tra gli ultimi atti che i Colonna stipularono sul feudo castelnovese sono le convenzioni del 3 dicembre 1552 con Leprignano e del 15 maggio 1561 con Morlupo. Dopo 255 anni di governo colonnese, Castelnuovo nel 1580 passerà sotto la giurisdizione della Camera Apostolica Vaticana.